东门码头和音乐码头的区别在于它们所在的位置和主要功能不同。

首先，东门码头位于广州市越秀区的珠江岸边，主要服务于前往中山、珠海等地的客运船只；而音乐码头则位于广州市海珠区的珠江口岸边，主要用于豪华游艇和游轮的停靠和表演活动的举办。

其次，东门码头是一个功能相对简单的码头，主要提供运输和换乘服务，而音乐码头则是一个集休闲、娱乐、商业等多种功能于一体的文化旅游景点。

因此，两者的区别主要在于所在位置和提供服务的类型及范围不同。