微信付款扣零钱通主要是通过两个渠道：

1. 微信钱包余额自动扣减。如果在微信钱包中开通了零钱通功能，当使用微信付款时，系统将自动选择使用零钱通余额支付，扣除相应的金额。

2. 微信银行卡快捷支付。当自己微信钱包余额不足时，系统将自动选择快捷支付到银行卡，尝试从绑定的银行卡中扣款，支付成功后，相应的金额将从绑定的银行卡中扣除。

需要注意的是，使用微信付款扣零钱通时，如果零钱通余额不足，而又未绑定银行卡，则无法完成付款。