根据法兰绒2股线棉鞋48码起的制作要求，棉鞋的针数应该是根据针密度进行确定的。具体而言，针密度是指单位长度内针数的数量，针数越多，则针密度也就越高。因此，在确定法兰绒2股线棉鞋48码起的针数时，需要根据具体的针密度来计算。一般情况下，在48码的棉鞋中，针数应该在200-300左右，然后根据具体的布料细密程度、设计要求等因素进行适当调整。

通过合理的针数设置，可以使棉鞋的质量更稳定，面料更加紧密，同时也有利于保证棉鞋的舒适度和耐用性。