如果商铺被水淹，损失应由商铺的保险公司承担。商铺需要购买商业保险，其中包括物业损失险和营业中断险。物业损失险可以对物业损失进行赔偿，而营业中断险可以对因灾害造成的营业中断损失进行赔偿。但是，如果商铺没有购买保险，则损失需由商户自行承担。因此，商铺在经营过程中应及时购买保险，以避免因灾害等原因造成的损失。