超过5000元的个人所得税计算公式为：应纳税所得额×适用税率-速算扣除数=应缴税款。

举例：某人在北京市工作每月得到的工资为1万元，那么此人应该缴纳多少元的个人所得税。

计算公式：工资纳税金额=(工资所得-五险一金-专项扣除金额)×适用税率-速算扣除数。

1、工资所得

示例中已经说到，此人每月的工资所得为1万元，这个是已知的数值。

2、五险一金

五险一金需要按照北京地区个人缴纳比例计算，工资为1万元，那么需要缴纳的五险一金为10000×(8%(养老保险)+0.2%(失业保险)+2%(医疗保险)+12%(住房公积金))+3(医疗保险)=2223元

3、专项扣除

专项扣除项虽然为新个税的新增内容，但仍旧没有具体的实施方案，因此不算在本次计算结果中。

4、适用税率

10000-2223=7777元，这个7777就是工资中必须纳税的部分。不过由于个税起征点上调到了5000元，因此7777-5000=2777元。超过5000元的2777元税率为3%。

5、速算扣除数

速算扣除数处于个人所得税的第一档，速算扣除数为0。

那么根据以上的条件，我们可以计算出实际纳税金额为2777×3%-0=83.31元。

也就是说北京地区工资为1万的人群，在扣除五险一金后，还需要缴纳83.31元的个人所得税，那么个人实际到手的工资为10000-2223-83.31=7693.69元。

工资超过5000就需要按照以上方法来计算个人所得税