还清款后不会自动撤回诉讼。

还清款后可以要求原告到法院撤诉。不过，如果标的额很大，可能牵扯到诉讼费的问题。按规定，撤诉诉讼费减半收取，对于诉讼费，最好是和原告方沟通一下，是主动负担还是双方分担。