如果深圳社保选择非本人意愿中断就业，对企业可能会有一定影响。因为员工中断就业可能会影响企业的用工计划和人力资源配置，从而影响企业的生产和经营。此外，如果企业因此被迫裁员或减少员工工作时间，可能会对企业的经营效益产生负面影响。

因此，企业应该尽量避免非本人意愿中断就业的情况发生，并采取措施保障员工的合法权益，同时积极寻求解决办法来应对可能出现的风险。