豆腐乳曲粉是由毛霉菌和麦麸培养而成的。在制作过程中，以前的做法通常是将豆腐放置在稻草中让其自然发酵，但这种方法由于缺乏稻草以及可能存在的农药残留问题，现在已经不常使用了。

现代的做法主要通过将毛霉菌与麦麸混合，提供适宜的环境以促进豆腐的快速且清洁的发酵过程。