市直属单位通常指的是直接隶属于市级政府或市级行政部门的机构，其管理权限和资金来源主要来自于市级财政。而县直属单位则是指直接隶属于县级政府或县级行政部门的机构，其管理权限和资金来源主要来自于县级财政。两者在行政级别、管理权限、资金来源等方面存在明显差异。市直属单位通常具有更高的行政级别和更广泛的管理权限，而县直属单位则更加贴近基层，对当地经济和社会发展具有更直接的影响。