在已招标完毕的工程中，若发生重大变更，应该根据相关法律法规和合同约定进行处理。一般情况下，若变更的内容影响工程的主体结构、安装技术及进度，甚至是费用等方面，应该重新启动招标程序，重新进行需求分析、方案设计、投标公告发布等流程，并重新向社会公开招标。

若变更不太重大，可以根据合同条款进行合法合理的调整，但需要在变更后重新报批审批、签订合同和支付费用。