支付宝电子印章盖在电子合同上的方法如下：

1. 打开电子合同应用，找到已签署的合同。

2. 在合同详情页面中找到“盖章”按钮，点击该按钮。

3. 进入电子签章页面，找到公司公章的位置，点击“添加印章”按钮。

4. 在印章页面中输入公司公章信息，并上传电子公章图片。

5. 确认电子公章信息及图片无误后，点击“确认盖章”按钮，完成电子合同的盖章操作。

通过以上步骤，即可在电子合同上成功使用支付宝电子印章。请注意，在使用电子印章前，确保合同内容准确、无误，以免造成不必要的麻烦。