长乐忠义林和九牧林是两个不同的植物园，它们的区别在于收藏植物的种类和风格不同。

首先，长乐忠义林位于福建省福州市长乐区，收藏了许多稀有的南洋植物，如法国扁柏、马来西亚枫香等，展示的主题是热带与亚热带植物，总面积达到4000亩。

而九牧林则位于南京市江宁区，以收藏世界性植物为主。

园区面积约三四百亩，以中外合璧的植物配置为基础，保护珍稀、濒危的国内外植物资源，展示出世界植物多样性的魅力。

所以，这两个植物园的区别在于它们所收藏的植物种类和风格不同。