如果父亲在南京有社保，小孩的医保可以通过以下几种方式办理：

1.少儿医保：根据当地政策，为小孩办理少儿医保。少儿医保是专门针对未成年人的医疗保险，通常可以在户籍所在地的社保局或社区办理。

2.学生医保：如果小孩在学校就读，可以通过学校统一办理学生医保。学生医保一般由学校与社保局合作，为学生提供医疗保障。

3.商业医疗保险：除了社保，你还可以考虑为小孩购买商业医疗保险。商业保险公司提供各种不同类型的医疗保险产品，可以根据小孩的需求和家庭经济状况选择适合的保险计划。