玛瑙原石外观为不规则的石头形态，通常呈现圆柱形、卵圆形或不规则多面体。其表面质地光亮，色彩多样，包括深红色、棕红色、橙色、黄色、灰色、绿色、以及黑色和白色。

在其表面和内部都有斑纹、条纹或斑点，形成特有的花纹和纹样。原石常出现裂缝、洞穴和矿脉等结构，其大小和形状因石头的个体而异。此外，真正的玛瑙原石质地坚硬，密度较高，有沉甸甸的质感，与人造及伪装的玛瑙有很大的区别。