1、 Omega-3结构不同。

磷虾油中的 Omega-3 脂肪附着于磷脂质，这就意味着，它可以被您的身体直接吸收。

鱼油中的 Omega-3 脂肪附着于甘油三脂，而甘油三脂必须在肠道中分解成 DHA 和 EPA 基础脂肪酸。约 80% 至 85% 会被直接排出肠道。

研究证实，磷虾油的吸收率要比鱼油高出 10 至 15 倍。

2、营养成分不同

鱼油的主要营养成分为Omega-3多不饱和脂肪酸(EPA, DHA)，且随着鱼油精制技术的提高和消费需求，鱼油中EPA和DHA的含量都可以达到非常高的水平，甚至超过南极磷虾油。

南极磷虾油中也含有Omega-3，其EPA, DHA水平可以跟部分鱼油参数齐平；但是南极磷虾油中还含有大量的磷脂、虾青素、胆碱还有维生素等其他微量元素。这是鱼油中没有含有的。并且南极磷虾油中的Omega-3是磷脂结构，更易被人体吸收。

3、原料来源不同。

磷虾油萃取自生活在南冰洋的南极洲水域的一种体积很小的无脊椎动物——磷虾，它们以群集方式生活，有时密度达到每立方米10,000—30,000只。磷虾是长须鲸(体形小于北极露脊鲸和蓝鲸，居鲸类第3位)的主要食物来源，也是从三文鱼到蓝鲸的各种海洋生物的食物来源，它是海洋中最有营养的生物。南极磷虾只适宜生活在南极周围比较寒冷的海域，远离南极的海中是找不到南极磷虾的踪迹的。南极磷虾是南极生态系统最底端的生物，食用冰藻。

鱼油主要提取自沙丁鱼、鳀鱼(凤尾鱼)、马鲛鱼、鲔鱼、野生三文鱼(鲑鱼)等。2016年鱼油粗油需求从种类上划分主要为鳀鱼(凤尾鱼)。选择鳀鱼是因为其是食物链低端的鱼类，鱼小且寿命短，吸收的污染物少。深海鱼的打捞大多在近海进行，即使是远洋的鱼类，也很难杜绝重金属、农药、有机污染物等污染。

因此从原料上讲，南极磷虾更纯净更安全，同时捕捞成本更高。