是的，上海医保报销是从医保卡扣除的。

1. 因为上海医保系统是通过医保卡的方式进行报销的，当您使用医疗服务后，相关费用会从医保卡中扣除，实现报销的过程。

2. 医保卡作为医保使用的载体，存储了个人的医保信息和账户余额，通过刷卡等方式进行支付和报销操作，因此可以说报销是从医保卡扣除的。

3. 通过上海医保系统的管理，您可以方便地查询医保卡上的余额和报销记录，确保医疗费用的正常报销和管理。

所以答案是：是的，上海医保报销是从医保卡扣除的。