在南京南站刷身份证可能出现问题的原因有很多可能，其中包括网络连接问题、读卡器故障、或者是身份证本身的损坏等。此外，可能还存在其他技术或设备方面的问题。建议您到车站的客服中心咨询工作人员，或者联系相关部门进行咨询解决。同时，也可以尝试其他方式购票或验证身份，比如使用其他有效证件或者联系客服寻求帮助。