公务员在门诊窗口结算医保时，通常需要遵循以下步骤：

1. **直接结算**：在医院门诊结算窗口，如果公务员医疗补助累计未超过规定的额度（如10000元），可以直接使用医保卡进行结算。

2. **个人垫付**：一旦公务员医疗补助累计超过规定的额度，超出部分不能在医院窗口直接结算。此时，公务员需要先个人垫付这些费用。

3. **收集凭证**：保留并收集相关的医疗费用票据、就医手册、处方等凭证。

4. **提交审核**：在规定的时间内（如次年的1月1日至5日），由单位的代办员携带上述收集的凭证以及医保卡复印件，到省医保局审核监督处进行审核和核销。