如果自己的商店被同名被告侵权，首先要做的是尽快联系专业律师或法律顾问，并了解自己的法律权益。

其次，根据法律程序对侵权行为进行诉讼，要求赔偿经济损失和名誉损失。

最后需要重新考虑商店的命名，并通过商标注册等方式保护自己的商业品牌。在未来的经营中也应保持警惕，警惕同名商户侵犯自己的商标权利。