万源拥有多种特有鱼种，其中最为著名的是万源湖的黄鱼和草鲢。黄鱼是一种较大的淡水鱼类，身体呈淡黄色，肉质细嫩鲜美，深受当地人民喜爱。

草鲢则是一种小型淡水鱼类，主要分布于万源湖和坪坝河中，其肉质鲜美，口感松软。此外，万源还有梭子蟹、野生江豚、鳝鱼等多种水产资源，成为了当地经济发展和旅游业的重要支柱之一。