关于凌晨三点起来包饺子的来历，有一种说法是在古代农村，人们过年吃饺子已成为传统习俗。由于人们要去市场办年货，大年夜做菜的时间都用在了买东西上，所以不得已将包饺子的时间放在了三更时节。

此外，还有一种说法是，凌晨三点是鬼门关开启的时候，而人们包饺子的这个传统可以让家中的鬼魂远离，保佑全家人平安吉祥。总之，这个习俗已经流传了很久，虽然现在生活条件好了许多，但是很多人还是喜欢在大年夜凌晨三点起来包饺子，以保佑家庭的平安和幸福。