车位抵工程款的合法性取决于双方签订的合同条款和当地相关法律法规。一般来说，如果在购买车位时合同中明确注明了车位可以作为抵押物或抵押权，那么车位抵工程款是合法的。但是需要注意的是，双方应当遵循合同约定并按照法律程序办理抵押手续，确保合法性和有效性。在进行交易时，建议双方委托专业律师进行法律咨询，以确保交易合法、合规。