甲流是一种传染性疾病，如果员工确诊患有甲流，根据公司的防疫规定，员工需要向公司报告病情。因此，甲流上报公司是知道的。

通常，公司会根据防疫部门的要求，对确诊患有甲流的员工进行隔离和治疗，同时采取必要的措施防止疫情扩散。在处理甲流疫情的过程中，公司需要与防疫部门密切合作，遵守相关法规和规定，确保员工和同事的健康安全。

因此，如果员工确诊患有甲流并向上报备，公司会知道情况并采取相应的措施。