根据中国国家统计局数据，截至2020年，云南省普洱市最穷的三个县分别是：

1. 普洱市孟连傣族拉祜族佤族自治县：该县经济相对较弱，主要经济来源是农业和畜牧业，贫困人口比例较高。

2. 普洱市墨江哈尼族自治县：该县地理条件较为恶劣，贫困人口比例较高，经济发展较为滞后。

3. 普洱市景谷傣族彝族自治县：该县地理条件相对较差，农业收入为主要经济来源，贫困人口较多。