中证A50与MSCI A50的主要区别体现在其选股标准上。中证A50指数是从各行业龙头上市公司证券中，选取市值最大的50只股票，主要强调各行业最具代表性的龙头上市公司的整体表现。

而MSCI A50指数则侧重于选取沪深两市、且纳入沪股通、深股通的，规模最大的50只股票，要求单个行业的比例通常不超过20%，因此在行业分布上相对更分散，波动更平缓，具有更长期的投资价值。两者各有特色，投资者可根据自身需求和风险承受能力进行选择。