重点生态功能区可以申报很多种项目，其中包括但不限于以下几种：
生态保护修复项目：包括水土保持、退耕还林还草、天然林保护、湿地保护与恢复等。这些项目旨在保护和修复生态系统，提高生态服务功能。
生态农业项目：包括有机农业、生态农业、循环农业等。这些项目旨在促进农业可持续发展，减少对环境的负面影响。
生态旅游项目：包括自然保护区、风景名胜区、森林公园等。这些项目旨在利用自然资源发展旅游业，同时保护生态环境。
新能源项目：包括太阳能、风能、水能等。这些项目旨在利用可再生能源，减少对化石能源的依赖。
生态工业项目：包括绿色制造、清洁生产等。这些项目旨在促进工业可持续发展，减少对环境的污染。