在于签证持续时间和允许入境的次数不同。

3个月多次签注意味着签证持续时间为3个月，但持有人在这段时间内可以多次入境。

而一年两次签注则意味着签证持续时间为1年，但持有人在这段时间内只能入境两次。

3个月多次签注一般适用于经常需要短期往返于中国和其它国家之间的人，例如商务人士、学生和探亲者。

一年两次签注则适用于只需要偶尔前往中国的人。

不过无论是哪种签注，入境时都需要符合中国的移民法规。

同时，持有人必须确保在签证有效期内不要超过允许的停留时间。