方圆明月山溪别墅价格相对较低的原因可能有以下几点：

1. 地理位置：别墅位于广州从化温泉镇，虽然环境优美，但相对于市区和其他热门度假胜地，地理位置较偏远，交通不便，因此价格相对较低。

2. 建筑形式：根据提供的参考信息，方圆明月山溪别墅有独栋别墅、联排别墅和双拼别墅等多种建筑形式。不同类型的别墅在建筑成本、占地面积等方面存在差异，从而影响了整体价格。

3. 装修程度：部分别墅可能是毛坯房，需要购房者自行装修。相较于精装修的别墅，毛坯房在价格上有一定优势。

4. 市场供需关系：当前市场上别墅供应充足，购房者选择较多，为了吸引更多购房者，开发商可能会调整价格，使其更具竞争力。

5. 优惠政策：部分别墅项目可能会推出优惠政策，如团购、折扣等，这些政策会降低购房成本，使得价格相对较低。

6. 销售策略：开发商可能会根据市场反馈和销售情况调整价格，以期提高销量。

需要注意的是，低价别墅可能在户型、朝向、楼层等方面存在一定的不足，购房者应在选购时充分考虑自己的需求和预算，权衡各种因素，以选购到适合自己的别墅。