依据相关法律规定，目前国内尚未明确规定双方以短信方式解除协议是否合法有效。一般而言，在双方明确表示同意的前提下，以书面形式或口头形式进行解除更为稳妥可靠。

建议在解除协议时使用诸如邮件、传真等可留下明确记录的方式，以避免日后发生纠纷。