调整门的位置：如果条件允许，可以考虑调整门的位置，使其相对对齐。这可能需要一些建筑改动，但长期来看，可以提高房屋的通风和采光效果，同时也更符合传统的四合院建筑风格。
使用屏风或隔断：如果不希望或不能改变门的位置，可以在两个门之间设置屏风或隔断。这不仅可以解决门不对齐的问题，还可以增加房间的私密性和装饰效果。可以选择具有中式风格的屏风或隔断，以更好地融入四合院的环境。
悬挂门帘：在门的内侧或外侧悬挂门帘也是一种解决方法。门帘可以起到阻挡视线和空气流通的作用，同时也有一定的装饰作用。可以选择与四合院风格相匹配的门帘，如布艺门帘或竹编门帘等。
摆放植物或装饰物：在两个门之间摆放一些大型植物或装饰物也可以起到缓解门不对齐的视觉效果。这不仅可以美化环境，还可以增加室内的氧气含量和湿度，有利于健康。
总之，针对四合院主屋客厅门和南平房不对门的问题，可以根据实际情况选择适合的解决方法。无论采用哪种方法，都应注意保持整体风格的协调性和美观性。