通常情况下，500万元一次性扣除指的是针对固定资产原值的扣除。所谓“原值”，指的是企业购入该项固定资产时的实际购置成本，包括购买价格、安装调试费用以及与该项资产相关的税费和其他支出等。而“净值”则是指固定资产在使用过程中因折旧而减少的价值，即原值与累计折旧之差。

需要注意的是，在实际操作中可能会根据具体政策要求进行调整，例如对于某些特殊行业或设备来说，可能需要按照其净值进行扣除等。所以建议您在具体操作前仔细阅读相关政策规定，或者咨询专业人士以获取更精确的信息。