单位旗杆应该立在企业的正门位置附近，或者主办公楼前，而不应该立在楼顶上方。具体来说，以下是一些考虑因素：

位置显眼：大门或主办公楼前是比较显眼的位置，更容易引人注目，也更能展示企业的形象和实力。

便于维护：旗杆立在地面以上，可以更加方便地进行维护和操作，比如更换旗帜、清洗旗杆等。

与建筑风格协调：将旗杆立在主办公楼前，可以与建筑风格相协调，更加美观。

总之，单位旗杆立在正门位置附近或主办公楼前是比较合适的选择，这样能够更好地展示企业的形象和实力，也更加方便维护和操作。