如果车主在事故中垫付了医药费，并希望通过保险公司进行理赔，以下是一般的处理方式：

1. 保存相关证据：车主应该保存与医药费有关的所有文件和收据，包括医疗费用清单、处方药单、诊断证明、医疗记录等。这些文件将作为理赔时的重要证据。

2. 联系保险公司：车主应及时联系自己的汽车保险公司，告知发生了事故并且自己已经垫付了医药费。保险公司可能会要求填写理赔申请表格，并提供相应的文件和证据。

3. 提交理赔申请：根据保险公司的要求，车主需要准备完整的理赔材料，并将其提交给保险公司。理赔材料通常包括理赔申请表、医疗费用清单、医疗文件和其他相关证据。

4. 等待理赔处理：一旦保险公司收到理赔申请，他们将进行审核和调查。这可能需要一定的时间。保险公司会评估事故责任和医疗费用的合理性，并确定是否批准理赔。

5. 理赔结果：保险公司将向车主通知理赔结果。如果理赔被批准，保险公司会根据合同规定进行医疗费用的赔付。如果理赔被拒绝，保险公司会解释理由，并提供申诉的程序。

重要提示：具体的理赔流程可能会因保险公司和地区而有所不同。车主应仔细阅读自己的保险合同，并遵循保险公司提供的指导和要求来处理医药费的理赔事宜。