1 祖遗一宅两户可以通过房屋所有权登记的方式确权。

2 首先需要办理房屋承包经营权证，并将该证明材料提交县以上房屋管理部门办理房屋所有权登记。

3 在登记房屋所有权时，需要提供祖遗继承证明和相关亲属身份证明，以确保权益的合法性。

延伸：除了房屋所有权登记之外，还可以通过规划和征地补偿等方式来确权，具体可咨询当地相关部门。