蛋白质染料的颜色各不相同，常用的有共振结构染料、铜离子染料、银离子染料、胞吞染料等。

共振结构染料通常呈现紫色至蓝色，如Bradford染料、Coomassie染料；铜离子染料常为蓝色或绿色，如BCA染料、抗坏血酸铜染料；银离子染料则多为棕色、绿色或黑色，如银染液、银粉；而胞吞染料往往是荧光染料，呈现荧光绿、荧光红和荧光紫色。这些染料广泛应用于蛋白质定量及检测领域。