身份证被注册公司的处理方式为向公安机关报案。身份证被注册公司的，对方属于冒用他人居民身份证的行为。应由公安机关处二百元以上一千元以下罚款，或者处十日以下拘留，有违法所得的，没收违法所得。如果侵权人的行为造成被冒用人经济损失或者危害社会公共利益的，侵权人就可能涉嫌犯罪。

法律依据

《中华人民共和国居民身份证法》第十七条有下列行为之一的，由公安机关处二百元以上一千元以下罚款，或者处十日以下拘留，有违法所得的，没收违法所得：

（一）冒用他人居民身份证或者使用骗领的居民身份证的；

（二）购买、出售、使用伪造、变造的居民身份证的。伪造、变造的居民身份证和骗领的居民身份证，由公安机关予以收缴。