印尼大部地区属热带雨林气候，具有温度高、降雨多、风力小、湿度大的特征。年平均气温摄氏25至27度。各月气温变化很小，没有寒暑季节之分。平原地区气温较高，首都雅加达年平均气温为摄氏26度。全境年平均降水量一般在2000毫米以上，雅加达年平均降水量为1,800毫米。

努沙登加拉群岛降水较少，是全国较干燥的地区。降水的季节分布也不一致。

马鲁古群岛终年多雨，其他地区大部分由于季风影响，每年可分为旱、雨两季