如果办理新不动产证时门牌号有变更，按照相关规定，需要办理门牌号变更手续。

首先，需要到当地房地产管理部门或者房产交易中心办理《不动产登记申请书》及相关的证明材料，带齐个人身份证和现有不动产证。

然后，需要到户籍所在地公安派出所换取新的《居民身份证》，确保身份证中的住址与业主的地址一致。

最后，按照相关的流程进行资料审核、摸底调查、裁定公告等环节，完成门牌号变更登记手续。

变更成功后，新不动产证中的门牌号会被修改为最新的门牌号，确保后续的房产相关事宜能够进行顺利办理。