西红柿根部发芽可能是由于以下几种原因：
1. 种植环境湿度过大：西红柿喜欢湿润的环境，但是过度的湿度可能会导致根部发芽。因此，种植西红柿时应保持适当的湿度，避免过度浇水。
2. 光照不足：西红柿需要充足的阳光才能正常生长。如果光照不足，可能会导致西红柿根部发芽。
3. 营养过剩：如果土壤中的营养物质过多，也可能会导致西红柿根部发芽。因此，施肥时应按照推荐的用量进行，避免过度施肥。
4. 温度过高或过低：西红柿对温度有一定的要求，过高或过低的温度都可能导致西红柿根部发芽。因此，种植西红柿时应保持在适宜的温度范围内。