国家卫生统计信息网络直报系统上传流程如下：

首先，确保已注册并登录该系统，选择需要上传的数据类型和时间段。

然后，按照系统要求填写数据并核对无误后，保存并提交上传申请。系统将自动审核上传数据并生成数据报表。

最后，通过系统下载或打印上传数据报表并进行备份存储。上传数据前请仔细阅读系统说明和相关规定，确保上传信息真实、准确、完整。