燕鱼一般在白昼或黄昏时下卵，通常在水温在15℃至20℃之间时为最佳，这时燕鱼的交配期刚刚结束，雌鱼即将产卵。

当雌鱼开始下卵时，雄鱼会立刻迎接，并用肉垫把卵接到口中，同时嘴唇会将卵轻轻咬住。然后，雌鱼在水中的装甲外壳上产卵。

雄鱼立刻游到雌鱼旁边，将卵份托入雌鱼的肉垫中，然后精子会和卵结合形成受精卵。这时雌鱼会不断下卵，直到大约200粒左右。

当卵全部受精完成后，雌鱼和雄鱼会一同游到岸边，雌鱼在细沙中埋下卵，雄鱼则在旁守护，等待着燕鱼下卵完毕之后，再将卵提到干燥处进行养殖。