自费赴马来西亚读博后直接回国存在转学分问题。

存在转学分问题的主要原因是由于国内和国外的高等教育体系存在差异。

马来西亚的高等教育体系和国内的可能存在一些课程组织、教学目标、授课内容等方面的差异。

因此，回国后需要经过相应的学分认定和评估程序，以确定马来西亚读的博士学位是否能够与国内的学位对等，是否能够进行转学分。

具体的转学分问题是否存在以及解决方法会因个人情况和具体的学校政策而异。

在考虑自费赴马来西亚读博后直接回国的情况下，建议提前咨询所在国内学校和马来西亚的学校，了解相关政策和程序，确保自己的学位能够得到承认和转换。

同时，也要考虑是否需要进行学习内容的补充和调整，以满足国内的学位要求。