合法继承人继承。公司某员工死亡后，他已缴纳5年的社保费，按现有社会保险政策，如养老保险等属于个人缴纳的费用，合法继承人可持本人身份证到当地社部门办理退还申请手续。经审核符合条件的，可以退还给合法继承人的。