关闭农商银行卡小额免密支付，可以通过以下步骤进行：

登录农商银行手机银行或网上银行。

进入“设置”或“安全设置”页面，找到“小额免密支付”选项。

选择关闭小额免密支付，并按照提示进行操作。

如果您不方便使用手机银行或网上银行进行操作，也可以前往农商银行柜台咨询相关工作人员进行关闭操作。

需要注意的是，不同银行的关闭小额免密支付的操作可能会有所不同，具体操作还需要参考银行的相关规定。