1、级别不同。主任医师是当前医生职称中的最高级别，属于正高级别，是正教授级; 副主任医师居属于副高级别，是副教授级。

2、晋升条件不同。晋升副主任医师需要获得主治医师职称满五年，还要评论文、课题等。晋升主任医师要任职副主任医师满五年，且精通本专业理论，掌握国内外本专业技术发展情况。有丰富的临床或技术工作经验，熟练掌握本专业技术操作，解决本专业复杂疑难问题。善于指导本科全面业务，能为医疗、教学和科研培养出高级人才。