南京地铁S1号线和1号线在以下三个方面存在明显的区别：

路线不同：南京地铁S1号线是南京轨道交通的环线，覆盖南京十九个市区，从新街口到建邺，绕城而行。而南京地铁1号线是南京市的第一条地铁，贯穿行经江宁区、鼓楼区、栖霞区、秦淮区。

起点不同：S1号线的起点是苹果园站，而1号线的起点是迈皋桥站。

行驶方式不同：S1号线是郊区线，不带S开头的都是城市线。

综上所述，S1号线和1号线在路线、起点和行驶方式等方面存在差异。