对于这个问题，存在一些情况需要考虑。

首先，商业险退还的费用扣除一部分是合理的。退保险需要考虑到4S店提供的一些服务费用，例如办理手续、咨询、服务等等。这些服务可能是4S店自己提供的，因此他们有权从退保费用中扣除一部分费用来弥补这些服务成本。

其次，退保费用的扣除应该是合理、透明和公平的。消费者应该明确知道具体扣除的金额和原因，并且不应该存在任何不合理的费用。如果消费者对4S店的扣款有疑问，可以要求4S店提供合理的解释和明细。

最后，消费者应该在购买保险时仔细阅读并理解合同条款。合同可能会明确规定退保费用扣除的具体金额和条件。如果消费者在购买保险时接受了这些条款，那么4S店按合同要求扣除费用是合理的。

综上所述，商业险退保时，4S店扣除一部分费用是有合理性的，但具体情况需要根据合同条款来判断，并要求4S店提供透明和合理的解释。