股东退股时，退回的股份所对应的股本账户和资本公积账户要同时处理。具体处理方法如下：

1. 公司股东退股时涉及股本金额的变动，需要做股权变动登记，并在公司工商登记机关备案。

2. 退股后，原股东的股份减少，需要按照剩余股权重新分配。

3. 相应的，由于退股导致的资本公积金余额减少，需要将退回的股份时以原发行价减去实际支付价款的差额转入资本公积。

4. 将转入资本公积的金额进行会计分录处理，借方为资本公积账户，贷方为股本账户，以退回股份的总额为数目。

5. 如果资本公积转入已达上限，剩余的股份退回的钱款会转入其他公积金账户上。

需要注意的是，公司股东退股需要根据《公司法》、《证券法》等有关法律、法规规定和公司章程等文件的规定处理。在处理过程中，需要咨询公司财务和法务部门，确保操作合规、规范。