1 公司是知道的。

2 因为填写大病医疗专项扣除需要在个人所得税申报表上进行，而公司需要向税务部门申报员工的个人所得税信息，因此公司是知道员工是否填写了大病医疗专项扣除的。

3 如果员工填写了大病医疗专项扣除，公司会在计算个人所得税时将扣除金额纳入考虑范围，从而减少员工的纳税额。

但是，公司并不会知道员工具体患有哪些大病，这些信息是保密的。