迷你鹦鹉鱼在发情期间会自动配对，雌鱼肚子微微变黄的时候，雄鱼就会追逐。然后雌性鹦鹉鱼会用嘴巴和鱼鳍打扫选定的产卵位置，并且禁止其它鱼儿靠近。

迷你鹦鹉鱼繁殖时都是雌鱼先进窝产卵，产卵之后会在窝旁边守护，然后雄鱼再进去受精。大概1-2天就可以分辨出鱼卵是否受精，饲养者可以将没有受精的鱼卵捞出，然后保证鱼缸内的食物充足，迷你鹦鹉鱼会自己孵化小鱼。在产卵后一般5-7天左右可以孵化出小鱼。